Janne muutti Helsinkiin yhdessä äitinsä ja Linda-siskonsa kanssa, joka aloitti opinnot jatko-opistossa. Pikkuveli Christian jäi vielä pariksi vuodeksi Hämeenlinnaan jatkamaan koulunkäyntiä isoäidin ja tätien hoivissa.

Siirtyminen muutaman tuhannen asukkaan Hämeenlinnasta noin 60 000 asukkaan Helsinkiin tuntui Jannesta järisyttävältä. Hänen maailmankuvansa oli muuttumassa: August Strindbergin Röda rummet –romaani oli pyyhkäissyt pois osan nuoruuden viattomuudesta, ja Janne oli kauhistuttanut tätejään uskonnonvastaisilla kommenteilla.

Pian kävi selväksi, että Janne ei viettänyt aikaansa lainkaan yliopistolla. Kaiken mielenkiinnon vei Helsingfors Musikförenings Musikinstitut eli Helsingin musiikkiopisto, jonka Martin Wegelius oli perustanut 1882.

Viulutunneilla Jannea opetti Mitrofan Wasiljeff, joka piti oppilastaan ”musiikkinerona”. Janne sai opetella heti ensimmäisenä syksynä Viottin ja Roden konsertot. Teoriassa, kontrapunktissa ja harmoniaopissa häntä ryhtyi opettamaan itse Martin Wegelius. Rehtori innostui nopeasti oppilaastaan, joka oli kirjoittanut jo koko joukon kamarimusiikkiteoksia. Vähitellen teoriatunneista kehittyi sävellystunteja, joissa Wegelius sanoi oppivansa Sibeliukselta yhtä paljon kuin tämä häneltä.

Martin Wegelius 1846-1906,
Sibeliuksen opettaja

Kevätlukukaudella 1886 Sibelius ryhtyi käyttämään merikapteenisetänsä käyntikortteja. ”Jean on nyt minun musiikkinimeni”, hän kirjoitti Pehr-sedälleen 31. maaliskuuta. Yliopistoon hänet liittivät enää viulistintehtävät Richard Faltinin Akateemisessa orkesterissa.

Sibeliuksen viulistintaidot huomattiin: 27. toukokuuta 1886 hän soitti Davidin e-mollikonserton tohtori Paulus Leontjeffin tyttären Antonien pianosäestyksellä opiston kevätnäytteissä. Hän sai Nya Pressenissä kriitikko Karl Flodinilta kehuja "pitkälle viedystä tekniikasta". Kevättodistukseen Sibelius sai rivin kymppejä, tosin pianonsoitossa oli tyytyminen seiskaan. Musiikkiopiston kevätretkellä Wegelius piti Sibeliukselle puheen ja sanoi toivovansa, että tämä pystyisi saavuttamaan sen kaiken, mistä Wegelius oli vain uneksinut.

Musiikkiopiston tähti otti uuden roolin toisena lukuvuonna: hän alkoi esittää suurta taitelijaa ensimmäistä vuotta opiskelevalle Adolf Paulille, josta tuli hänen läheisimpiä ystäviään. Kuvaan kuuluivat nyt sikarit, alkoholi ja suuret sävellyssuunnitelmat.

Syyskaudella 1886 hän esiintyi neljästi, esimerkiksi Bériotin viulukonserton no 7 solistina 6. marraskuuta ja Vieuxtempsin Balladin ja Poloneesin solistina 16. joulukuuta. Säestyksestä huolehti Antonie Leontjeff. Kevätlukukaudella 1887 Janne esiintyi ahkerasti kamarimuusikkona, mutta viuluvirtuoosin unelmat kokivat kolauksen. Mendelssohnin konserton andante ja finaali epäonnistuivat konsertissa, ja Richard Faltin moitiskeli kritiikissään ohutta ja epäpuhdasta sointia.

Tämän pidemmälle Sibelius ei viulutaiturina päässyt. Hän soitti kuitenkin edelleen ahkerasti orkestereissa sekä kamarimusiikkikokoonpanoissa. Viulunsoiton opettajaksi tuli Hermann Csillag, joka kutsui hänet opiston jousikvartetin kakkosviulistiksi. Kotonaan Sibelius soitti Helsinkiin muuttaneen Christian-veljensä sekä Richard Faltin nuoremman ja Ernst Lindelöfin kanssa kvartetissa, joka ehti opintovuosina harjoitella suurimman osan Haydnin jousikvartetoista sekä Mozartin ja Beethovenin kvartettoja.

Keväällä 1888 Wegelius ja Sibelius sävelsivät yhdessä musiikin Gunnar Wennerbergin Näkkiin. Richard Faltin vanhempi kirjoitti kritiikissään, että Sibelius kiinnosti säveltäjänä vielä enemmän kuin viulutaitelijana. Toukokuussa 1888 jousikvartetto eli teema ja muunnelmia cis-mollissa otettiin hyvin vastaan. Nya Pressenin kriitikko Karl Flodin ylisti "kaunista teoreettista kykyä ja huomattavaa mielikuvitusvoimaa".

Kesällä Loviisassa Sibelius sävelsi varhaistuotantonsa parhaisiin kuuluvan kamarimusiikkiteoksen, Loviisa-trion C-duurissa pianolle, viululle ja sellolle. Tässä vaiheessa Helsingin musiikkipiireille oli käynyt selväksi, että Sibeliuksesta tulisi ensisijaisesti säveltäjä, ei viulutaiteilija.

Syksyllä 1888 musiikkiopistoa kohtasi onnenpotku, kun Wegelius houkutteli pianonsoitonopettajaksi itsensä Ferruccio Busonin, tulevan mestaripianistin, säveltäjän ja kapellimestarin. Nuori virtuoosi tutustui Sibeliukseen, musiikkiopiston toiseen tähteen Armas Järnefeltiin sekä Adolf Pauliin. Busonin Lesko-koiran mukaan toveripiiri kutsui itseään leskoviiteiksi ja vietti aikaansa Busonin asunnossa ja Helsingin kahviloissa.

Ferruccio Busoni (1866-1924)

Busoni rohkaisi Sibeliuksen sävellystyötä. Syksyllä Sibelius saikin ensimmäistä kertaa sävellyksensä julki. Kyseessä on Serenadi Runebergin sanoihin. Se julkaistiin Det sjungande Finland II -vihossa.

Syksyllä 1888 tapahtui muutakin merkittävää. Musiikkiopistossa tutuksi tullut Armas Järnefelt vei Sibeliuksen perheensä vieraaksi, ja Janne tapasi tulevan puolisonsa.

17-vuotias Aino Järnefelt oli muuttanut äitinsä Elisabeth Järnefeltin ja siskonsa Ellin mukana Helsinkiin Resvoyn taloon osoitteeseen Mikonkatu 17. Ainon äiti Elisabeth oli baltialaista vapaaherrasukua, tyttönimeltään Clodt von Jürgensburg. Hän oli kasvanut Pietarissa ja hänen äidinkielensä oli venäjä. Ainon isä Aleksander taas oli Kuopion läänin maaherra, joka oli saanut siirron maaherraksi Vaasaan. Aleksander ja Elisabeth olivat molemmat kiihkeitä fennomaaneja. Elisabeth oli opetellut suomen kielen, jota hän puhui viehättävällä korostuksella.

Armas Järnefelt muisteli myöhemmin, että Aino jäi kuuntelemaan poikien soittoa, jolloin hämääntynyt Sibelius teki virheen ja nousi pyytämään sitä anteeksi Ainolta. Katseet kohtasivat, ja nuoret ihastuivat hetkessä toisiinsa. Ainon itsensä mukaan hän oli jopa tanssinut musiikin tahtiin, kunnes Sibeliuksen "kiinteä, kiihkeä katse" vangitsi hänet.

Viimeisenä musiikkiopistokeväänään 1889 Sibelius vietti runsaasti aikaa Järnefelteillä. Hän tutustui Armaksen veljiin, joista Eero opiskeli taidemaalariksi ja Arvid oli suunnittelemassa uutta suomenkielistä sanomalehteä yhdessä kirjailija Juhani Ahon ja päätoimittaja Eero Erkon kanssa. Sibelius ajautui näin Helsingin Sanomien edeltäjän Päivälehden ”piiriin" jo ennen lehden ensimmäisen numeron ilmestymistä marraskuussa 1889.
Päivälehden tulevat tähtitoimittajat muokkasivat nuoren Sibeliuksen mieltä suomen kielen merkitystä korostavaan ja kulttuurisesti edistykselliseen suuntaan. ”Olin melkein 'svekomaani', kunnes Päivälehden piiri herätti minussa uuden mielen”, Sibelius muisteli myöhemmin.

Sibeliuksen opinnot Helsingissä kruunautuivat kahdella kamarimusiikkityöllä, sarjalla viululle, alttoviululle ja sellolle sekä jousikvartetolla a-molli. Sarja sai kantaesityksensä 13. huhtikuuta 1889. Se antoi kriitikkojen mukaan aihetta "mitä rohkeimpiin toiveisiin". A-molli-kvarteton esitys oli vielä yksimielisempi arvostelumenestys. "Hän on yhdellä iskulla liittynyt niiden ensi riviin, joille on uskottu suomalaisen luovan säveltaiteen tulevaisuus", kirjoitti Karl Flodin Nya Pressenissä. Esitys oli suomalaisille niin suuri elämys, että esimerkiksi Helsingin musiikkiyhdistyksen juhlittu kapellimestari ja säveltäjä Robert Kajanus väitti luopuvansa saman tien omasta säveltäjätyöstään. Kajanus jatkoi toki säveltämistä, mutta maailmanmaineensa hän loi Sibeliuksen musiikin esitaistelijana ja ensimmäisenä levyttäjänä.

Sibelius oli nyt suomalaisen musiikin suurin lupaus. Nuori säveltäjä sai 2000 markan apurahan päästäkseen syksyllä Berliiniin opiskelemaan. Summa vastaa noin 8000 euroa nykyrahassa.

Samalla yksityiselämässä oli tapahtunut väliaikainen muutos. Orastava romanssi Aino Järnefeltin kanssa ei edennyt, sillä Sibelius heilasteli keväällä ja alkukesällä musiikkiopistossa tapaamansa Betsy Lerchen kanssa ja sävelsi hänelle repäisevän valssin. Suhde Betsyyn päättyi nopeasti, mutta Aino ja Janne eivät ehtineet sopia välejään. Berliinin opiskeluvuonna he eivät olleet kirjeenvaihdossa.