Janne flyttade till Helsingfors tillsammans med sin mamma och sin syster Linda, som började studierna på ett påbyggnadsinstitut. Lillebror Christian stannade ännu ett par år i Tavastehus för att fortsätta skolgången hos mormodern och mostrarna.

Flyttningen från Tavastehus som hade ett par tusen invånare till Helsingfors vars invånarantal var cirka 60 000 upplevde Janne som omvälvande. Hans världsbild höll på att förändras: August Strindbergs roman Röda rummet hade utplånat en del av ungdomens oskuld, och Janne hade chockerat sina mostrar med sina religionsfientliga kommentarer.

Snart blev det klart att Janne inte alls tillbringade sin tid på universitetet. Allt intresse upptogs av Helsingfors Musikförenings Musikinstitut eller Helsingfors musikinstitut som Martin Wegelius hade grundat 1882.

På violinlektionerna undervisades Janne av Mitrofan Wasiljeff, som ansåg sin elev vara ett ”musikgeni”. Genast den första hösten fick Janne lära sig Viottis och Rodes konserter. I teori, kontrapunkt och harmonilära började han undervisas av självaste Martin Wegelius. Rektorn blev snabbt intresserad av sin elev som redan hade skrivit en ansenlig mängd kammarmusikverk. Så småningom utvecklades teorilektionerna till kompositionslektioner, under vilka Wegelius sade att han lärde sig lika mycket av Sibelius som denne av honom.

Martin Wegelius 1846-1906,
Sibelius lärare

Under vårterminen 1886 började Sibelius använda sin sjökaptenfarbrors visitkort. ”Jean är nu mitt musiknamn”, skrev han till sin farbror Pehr den 31 mars. Det enda som förenade honom med universitetet var violinistuppgifterna i Richard Faltins Akademiska orkester.

Sibelius violinisttalanger märktes: den 27 maj 1886 spelade han Davids e-mollkonsert på institutets vårprov och ackompanjerades på piano av doktor Paulus Leontjeffs dotter Antonie. I Nya Pressen fick han beröm av kritikern Karl Flodin "för en långt förd teknik". På vårbetyget fick Sibelius en rad tior, visserligen måste han nöja sig med en sjua i pianospel. På musikinstitutets vårutflykt höll Wegelius ett tal för Sibelius och sade sig hoppas, att denne skulle lyckas uppnå allt vad Wegelius bara hade drömt om.

Under det andra läsåret tog musikinstitutets stjärna en ny roll: han började spela den stora konstnären för första årets studerande Adolf Paul som blev en av hans närmaste vänner. Till bilden hörde nu cigarrer, alkohol och stora kompositionsplaner.

Under höstsäsongen 1886 uppträdde han fyra gånger, till exempel som solist i Bériots violinkonsert nr 7 den 6 november och som solist i Vieuxtemps' Ballad och Polonäs den 16 december. Ackompanjemanget sköttes av Antonie Leontjeff. Under vårsäsongen 1887 uppträdde Janne flitigt som kammarmusiker, men violinvirtuosdrömmarna fick sig en knäck. Mendelssohnkonsertens andante och final misslyckades på konserten, och i sin kritik klagade Richard Faltin på den tunna och orena klangen.

Längre än detta kom Sibelius inte som violinist. Han spelade i alla fall fortfarande flitigt i orkestrar samt kammarmusiksammansättningar. Hans lärare i violinspel blev Hermann Csillag, som kallade honom till andra violin i institutets stråkkvartett. Hemma spelade Sibelius med sin bror Christian, som flyttat till Helsingfors, Richard Faltin den yngre och Ernst Lindelöf i en kvartett som under studieåren hann öva största delen av Haydns stråkkvartetter samt kvartetter av Mozart och Beethoven.

På våren 1888 komponerade Wegelius och Sibelius tillsammans musiken till Gunnar Wennerbergs Näcken. Richard Faltin den äldre skrev i sin kritik att Sibelius var ännu mera intressant som kompositör än som violinist. I maj 1888 togs stråkkvartetten eller tema och variationer i ciss-moll väl emot. Nya Pressens kritiker Karl Flodin lovordade den "sköna teoretiska förmågan och betydande fantasirikedomen".

På sommaren i Lovisa komponerade Sibelius ett av sina bästa tidiga kammarmusikverken, Lovisa-trion i C-dur för piano, violin och cello. I detta skede hade det blivit klart för Helsingfors musikkretsar att Sibelius i första hand skulle bli kompositör, inte violinist.

På hösten 1888 hade musikinstitutet tur, när Wegelius lyckades locka självaste Ferruccio Busoni, en blivande mästerpianist, tonsättare och kapellmästare, till lärare i pianospel. Den unge virtuosen blev bekant med Sibelius, musikinstitutets andra stjärna Armas Järnefelt och Adolf Paul. Kamratkretsen kallade sig leskoviter efter Busonis hund Lesko och tillbringade sin tid i Busonis lägenhet och Helsingfors caféer.

Ferruccio Busoni (1866-1924)

Busoni uppmuntrade Sibelius i dennes kompositionsarbete. På hösten fick Sibelius också för första gången sina kompositioner publicerade. Det är frågan om Serenad till ord av Runeberg. Den publicerades i häftet Det sjungande Finland II.

På hösten 1888 hände också annat av betydelse. Armas Järnefelt som han blivit bekant med på musikinstitutet tog Sibelius som gäst till sin familj, och Janne mötte sin blivande maka.

Den 17-åriga Aino Järnefelt hade flyttat med sin mor Elisabeth Järnefelt och sin syster Elli till Helsingfors, till Resvoys hus på adressen Mikaelsgatan 17. Ainos mor Elisabeth var av baltisk friherresläkt, född Clodt von Jürgensburg. Hon hade vuxit upp i S:t Petersburg och hennes modersmål var ryska. Ainos far Alexander å sin sida hade varit landshövding i Kuopio län och fått förflyttning till Vasa. Alexander och Elisabeth var båda hängivna fennomaner. Elisabeth hade lärt sig finska som hon talade med en förtjusande accent.

Armas Järnefelt mindes senare att Aino stannade för att lyssna till pojkarnas spel, varvid den generade Sibelius gjorde ett fel och steg upp för att be Aino om förlåtelse. Blickarna möttes, och de unga blev blixtförälskade. Enligt Aino själv hade hon till och med dansat i takt med musiken, tills Sibelius "fasta, passionerade blick" fängslat henne.

Under sin sista musikinstitutvår 1889 tillbringade Sibelius mycket tid hos Järnefelts. Han blev bekant med Armas' bröder, av vilka Eero studerade för att bli konstnär och Arvid höll på att planera en ny finskspråkig tidning tillsammans med författaren Juhani Aho och chefredaktören Eero Erkko. Sibelius drevs sålunda i "kretsen" kring Helsingin Sanomats föregångare Päivälehti redan innan tidningens första nummer hade utkommit i november 1889.
Päivälehtis kommande stjärnreportrar bearbetade den unge Sibelius sinne i en riktning som betonade det finska språkets betydelse och var kulturellt progressiv. ”Jag var nästan 'svekoman' tills Päivälehtikretsen väckte ett nytt sinne i mig”, berättade Sibelius senare.

Sibelius studier i Helsingfors kröntes av två kammarmusikverk, en svit för violin, viola och cello samt en stråkkvartett i a-moll. Sviten fick sin urpremiär den 13 april 1889. Enligt kritikerna gav den anledning till "de djärvaste förhoppningar". Uppförandet av a-mollkvartetten blev en ännu mera enhällig kritikerframgång. "Han har med ett slag ställt sig i första ledet af dem åt hvilka blifvit anförtrott att föra vidare den finska skapande tonkonstens runor", skrev Karl Flodin i Nya Pressen. Framförandet var en så stor upplevelse för finländarna att till exempel Helsingfors musikförenings firade kapellmästare och kompositör Robert Kajanus påstod att han med detsamma skulle ge upp sitt eget arbete som kompositör. Kajanus fortsatte visserligen tonsättandet, men sin världsberömmelse skapade han som förkämpe för Sibelius musik och som den första som spelade in den på skiva.

Sibelius var nu den finländska musikens största löfte. Den unge kompositören fick ett stipendium på 2000 mark för att kunna resa till Berlin på hösten för att studera. Summan motsvarar cirka 8000 euro i nutida pengar.

Samtidigt hade det skett en tillfällig förändring i privatlivet. Den spirande romansen med Aino Järnefelt framskred inte, för Sibelius var på våren och försommaren ihop med Betsy Lerche som han träffat på musikinstitutet och komponerade åt henne en medryckande vals. Förhållandet med Betsy slutade fort, men Aino och Janne hann inte försonas. Under studieåret i Berlin brevväxlade de inte.